Belweder powstał najpewniej w XV wieku jako rezydencja królowej Bony. Przez wieki był przebudowywany i zmieniany. W XVIII wieku został włączony do Łazienek przez króla Stanisława Augusta Poniatowskiego. Dzisiejszego kształtu nabrał w latach 1819-1822, kiedy był przebudowany według projektu Jakuba Kubickiego. Kolejne remonty odbywały się w latach 1940-1943 oraz 1998-2001, ale miały one głównie na celu renowację i konserwację budynku.

Od XIX wieku ten budynek był używany przez osoby publiczne - w XIX wieku mieszkał tam naczelny wódz Wojska Polskiego oraz inni rosyjscy delegaci. W latach 1914-1918 Belweder był siedzibą niemieckiego generała. Podczas międzywojnia mieszkali tam prezydenci oraz marszałek Piłsudski (po jego śmierci Belweder został zamieniony na 4 lata w muzeum poświęcone jego pamięci). W czasie II wojny światowej mieszkał tam gubernator dystryktu warszawskiego. Po wojnie pałac został siedzibą Rady Państwa. W latach 1989 do 1994 Belweder był siedzibą prezydenta (do momentu, w którym Lech Wałęsa przeniósł się na Krakowskie Przedmieście). Od 2010 roku Belweder ponownie jest siedzibą prezydenta.