Historia Warkał sięga pierwszej połowy XIV wieku. 4 września 1345 w Ornecie kapituła warmińska wystawiła dokument lokacyjny dla wsi Grünewald. Nazwa ta jednak nie została zaakceptowana przez tutejszych mieszkańców i z biegiem czasu została zastąpiona mianem Warkallen. Pierwszy sołtys Prus Succule otrzymał 30 łanów ziemi.

W XV wieku Warkały zostały splądrowane. Było to spowodowane wojną głodową oraz wojną trzynastoletnią. 22 stycznia 1517 sołtysowi Hansowi Krulke nadano przywilej na dotychczasowe 30 łanów. Dokumenty kapitulne wydane trzy lata później mówiły jednak, iż wówczas w Warkałach znajdowało się 21 łanów opuszczonych. Akcja ponownego zagospodarowania wsi dobiegła końca w 1550, gdy trzy ostatnie puste łany otrzymał Jan Resik.

4 marca 1541 zezwolono na budowę karczmy w Warkałach. W drugiej połowie XVII wieku poza wspomnianą karczmą we wsi znajdowało się jeszcze sześć zagród. W 1673 Warkały zamieszkiwało 38 osób. W 1820 liczba ta wzrosła o prawie stu mieszkańców, a w 1858 wyniosła już 236 osób. Spis urzędowy z 3 grudnia 1861 wykazał, że wieś posiadała 684 hektary ziemi, z czego lasy stanowiły niespełna 3,5%. Liczba mieszkańców wynosiła wówczas 276 osób. 78 lat później zwiększyła się do 313. W 2009 miejscowość liczyła 419 mieszkańców.